سامانه میز خدمت الکترونیک چنانچه با سیستم اتوماسیون اداری سازمان یکپارچه باشد، قدم مهمی در تحقق اهداف دولت الکترونیک برداشته می‌شود. لذا توجه به این امکان در انتخاب نرم‌افزار مناسب برای میز خدمت الکترونیکی تعیین کننده خواهد بود. یکپارچگی با اتوماسیون اداری موجب می‌شود، فرآیند چرخش نامه و درخواست‌های ارباب رجوع در نرم‌افزارهای اتوماسیون اداری و مکاتبات سازمان ادامه پیدا کند و ارباب رجوع از مراحلی که نامه در سازمان طی می‌کند با دریافت پیامک مطلع شود. این ابزار ضمن ایجاد شفافیت در عملکرد دستگاه‌های اجرایی حقوق شهروندی را پاس می‌دارد و کاهش تخلفات اداری و افزایش رضایت شهروندان را به دنبال خواهد داشت.
